Auton käytön aikana moottorin palaminen tuottaa paljon lämpöä, mutta moottorin lämpötila ei saa olla liian korkea, muuten ilmenee ongelmia, kuten halkeilua ja muodonmuutoksia, huonoa öljyn voitelua ja lisääntynyttä kulumista, mikä lyhentää moottorin käyttöikää. Siksi on erittäin tärkeää jäähdyttää moottori. Moottorilohkossa on monia jäähdytysveden kiertokanavia ja moottorin ylempään vesiaukkoon asennetaan vesipumppu, jota pyörittää tuuletinhihna, jonka jälkeen vesikanavassa oleva kuuma vesi pumpataan ulos ja kylmää vettä pumpataan, jotta moottori pysyy käynnissä tietyllä lämpötila-alueella.
Moottorin jäähdytysvesikierrossa on yleensä kaksi jaksoa: pieni jakso ja suuri jakso. Kun auto on juuri käynnistetty, se on pienikiertotilassa, anna moottorin lämmetä noin 80 asteeseen mahdollisimman pian (mallista riippuen lämpötila-arvo on eri), ja kun termostaatti on päällä, auton jäähdytysjärjestelmä siirtyy suureen kiertoon, jäähdytä moottorin jäähdytysneste nopeasti vesisäiliön ja jäähdyttimen läpi estääksesi moottorin ylikuumenemisen ja toimintahäiriöiden.